Bij de herinrichting van het paleis zijn de 17de-eeuwse appartementen van de eerste bewoners, koning-stadhouder Willem III en koningin Mary II, als uitgangspunt genomen. Ze zijn onderdeel van een chronologische reeks van vertrekken, gewijd aan de diverse Oranjes die na hen Het Loo hebben bewoond, met als laatste Koningin Wilhelmina.
De vertrekken zijn ingericht met meubelen, voorwerpen en schilderijen waarmee diverse generaties Oranjes zich omringden. Bijzonder is de authentieke stoffering van vensters en wanden.

Karakteristiek voor een museum als Paleis Het Loo is de omstandigheid dat alle kunstvoorwerpen te zien zijn in de omgeving waarvoor ze bedoeld waren. De publieksingang van het paleis is de oude dienstingang onder de hoofdtrap, die tevens toegang geeft tot de museumwinkel, garderobe en toiletten. Via het onderhuis bereikt men ook de Tuinen.